微生物是地球上生物多样性最为丰富的资源。微生物的种类仅次于昆虫，是生命世界里的第二大类群。然而由于微生物的微观性，以及研究手段的限制，许多微生物的种群还不能分离培养，其已知种占估计种的比例仍很小。从下面的两张统计表中可以看出。
中国微生物已知物种数与世界已知物种数的比较
| 类群 |
中国的物种数 |
世界的物种数 |
中国/世界（％） |
| 病毒 |
400 |
5000 |
8.0 |
| 细菌 |
500 |
4760 |
10.5 |
| 真菌 |
8000 |
72000 |
11.6 |
微生物的已知种数和估计总种数
| 类群 |
已知种数 |
估计总种数 |
已知种百分数（％） |
| 病毒 |
5000 |
130000 |
4 |
| 细菌 |
4760 |
40000 |
12 |
| 真菌 |
72000 |
1500000 |
5 |
微生物是生物中一群重要的分解代谢类群，没有微生物的活动地球上的生命是不可能存在的。它们是地球上最早出现的生命形式，其生物多样性在维持生物圈和为人类提供广泛而大量的未开发资源方面起着主要的作用。
微生物的多样性包括所有微生物的生命形式、生态系统和生态过程以及有关微生物在遗传、分类和生态系统水平上的知识概念。
物种是生物多样性的表现形式，与其它生物类群相比，人类对微生物物种多样性的了解最为贫乏。以原核生物界为例，除少数可以引起人类、家畜和农作物疾病的物种外，对其它物种知之甚少。人们甚至不能对世界上究竟存在多少种原核生物作出大概的估计。真菌是与人类关系比较密切的生物类群，目前已定名的真菌约有8万种，但据估计地球上真菌的数量约为150万种，也就是说人们已经知道的真菌仅为估计数的5％。
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