本区湖泊总面积为1200 km²，约占湖面总面积的1.5%，湖泊率为0.3%。云贵高原自中新世晚期以来，新构造运动强烈，夷平面、高山深谷和盆地等交错分布。一些较大的湖泊都分布于断裂带和各大水系的分水岭地带并沿褶皱断裂构造方向排列，湖泊长轴与深大断裂走向基本一致，多为构造湖。本区湖泊主要分布在滇中和滇西的一些断裂带上，以其海拔较高，湖岸陡峻，面积较小而湖水较深为其主要特征。主要湖泊有滇池、洱海、抚仙湖、泸沽湖、阳宗海和程海等，其中抚仙湖深155米，为我国第二深水湖。本区纬度较低，属印度洋季风气候区，降水主要受夏季风即西南季风控制，干湿季节分明，5-10月降水量约占全年降水总量的80%以上，湖水依靠地表水和地下水补给。区内湖泊分属金沙江和澜沧江水系，入湖支流众多而出湖河道很少，甚至只有一条。湖泊尾闾落差大，水力资源丰富，湖水换水周期长，生态系统较脆弱。湖泊含盐量不高，水色清澈，并以风景秀丽而名闻中外。

　　本区岩溶地貌分布较广，经溶蚀作用而形成的岩溶湖也最为典型。贵州省的草海是我国最大的岩溶湖。